Version 2006 im Zusammenhang beim BDB-Index ist die Version, die Ende Februar 2007 herausgegeben worden ist. Bei dieser Version wurde im Gegensatz zur Version 2003 nur die Monatswerte angegeben, die aus mindestens 10 Ertragsdaten derselben Region gebildet worden sind. Je nach Region beginnt daher dieser Windindex teils im Januar 1990, teils später bis hin zum Windindex der Region 21, der erst im September 1998 beginnt und auch dann noch einige Lücken aufweist. Hierdurch wurde eindeutig die Zahl der Ausreißer in den Indexreihen vermindert. Allerdings besteht noch immer in den Anfangsjahren teilweise eine unplausible Streuung.

Bei der Version 2006 des BDB-Index wurde neben der oben erläuterten veränderten Bewertung der Datenbasis der frühen Jahre auch eine Verlängerung der Referenzperiode durch eine Verbindung mit einem Derivat der NCAR-Reanalysedaten versucht. Damit wird das Absolutniveau des Index durch diese Reanalysedaten beeinflusst. Zusätzlich wurden die Betriebsergebnisse der windschwächeren Jahre 2003 bis 2005 in der Mittelwertbildung berücksichtigt, was zu einer Verringerung des mittleren Niveaus führte.