Auflagen können ein Handlungsinstrument der Verwaltung sein, wenn ein Vorhaben zur Windenergieplanung nicht ganz den gesetzlichen Vorgaben entspricht. Auflagen sind nach Verwaltungsverfahrensgesetz (VwVfG) Bestimmungen, durch die dem Planer ein Tun, Dulden und Unterlassen vorgeschrieben werden kann. Eine Auflage kann z.B. sein, eine WKA bei Schattenwurf still zu legen oder bei erhöhten Lärmwerten, die Drehzahl zu reduzieren. Bei einer Auflage handelt es sich um einen sogenannten Verwaltungsakt.